| 1. Journée | 06.08.2016 | Walsall FC | - | AFC Wimbledon | 3:1 | ||||
| 3. Journée | 16.08.2016 | AFC Wimbledon | - | Scunthorpe United | 1:2 | ||||
| 4. Journée | 20.08.2016 | Northampton Town | - | AFC Wimbledon | 0:0 | ||||
| 5. Journée | 27.08.2016 | Rochdale AFC | - | AFC Wimbledon | 1:1 | ||||
| 7. Journée | 10.09.2016 | AFC Wimbledon | - | Sheffield United | 2:3 | ||||
| 8. Journée | 17.09.2016 | Charlton Athletic | - | AFC Wimbledon | 1:2 | ||||
| 9. Journée | 24.09.2016 | AFC Wimbledon | - | Shrewsbury Town | 1:1 | ||||
| 13. Journée | 15.10.2016 | AFC Wimbledon | - | Swindon Town | 0:0 | ||||
| 15. Journée | 22.10.2016 | Peterborough United | - | AFC Wimbledon | 0:1 | ||||
| 16. Journée | 29.10.2016 | AFC Wimbledon | - | Bradford City | 2:3 | ||||
| 17. Journée | 12.11.2016 | Oldham Athletic | - | AFC Wimbledon | 0:0 | ||||
| 18. Journée | 19.11.2016 | AFC Wimbledon | - | Bury FC | 5:1 |  |
|||
| 19. Journée | 22.11.2016 | Millwall FC | - | AFC Wimbledon | 0:0 | ||||
| 20. Journée | 26.11.2016 | AFC Wimbledon | - | Fleetwood Town | 2:2 | ||||
| 21. Journée | 10.12.2016 | Milton Keynes Dons | - | AFC Wimbledon | 1:0 |  |
|||
| 27. Journée | 14.01.2017 | AFC Wimbledon | - | Oxford United | 2:1 | ||||
| 28. Journée | 21.01.2017 | Chesterfield FC | - | AFC Wimbledon | 0:0 |
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