| 8. Journée | 16.10.2016 | Dynamo Dresden [A-jeun] | - | FC St. Pauli [A-jeun] | 1:3 | ||||
| 9. Journée | 22.10.2016 | FC St. Pauli [A-jeun] | - | Eintracht Braunschweig [A-jeun] | 2:1 | ||||
| 10. Journée | 30.10.2016 | JFV Nordwest [A-jeun] | - | FC St. Pauli [A-jeun] | 1:3 |  |
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| 11. Journée | 05.11.2016 | FC St. Pauli [A-jeun] | - | VfL Wolfsburg [A-jeun] | 0:2 | |
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| 13. Journée | 27.11.2016 | FC St. Pauli [A-jeun] | - | Werder Bremen [A-jeun] | 1:0 | ||||
| 14. Journée | 03.12.2016 | FC St. Pauli [A-jeun] | - | FC Carl Zeiss Jena [A-jeun] | 0:1 | ||||
| 15. Journée | 10.12.2016 | RB Leipzig [A-jeun] | - | FC St. Pauli [A-jeun] | 7:1 | |
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