| 1er tour | 22.08.2006 | LDU Quito | - | El Nacional | 2:3 | ||||
| 1er tour | 29.08.2006 | El Nacional | - | LDU Quito | 1:1 |  |
|||
| 2e tour | 12.09.2006 | Universitario de Sucre | - | El Nacional | 1:3 | |
|||
| 2e tour | 21.09.2006 | El Nacional | - | Universitario de Sucre | 2:1 | ||||
| tour des 16 | 26.09.2006 | Deportivo Toluca | - | El Nacional | 1:0 | ||||
| tour des 16 | 10.10.2006 | El Nacional | - | Deportivo Toluca | 0:2 | |
Équateur