| Groupe A | 21.08.2016 | Juan Aurich | - | Real Garcilaso | 2:1 |  |
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| Groupe A | 19.09.2016 | Real Garcilaso | - | FBC Melgar | 1:2 | |
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| Groupe A | 15.10.2016 | Deportivo Municipal | - | Real Garcilaso | 1:0 | ||||
| Groupe A | 18.10.2016 | Real Garcilaso | - | Juan Aurich | 1:1 | ||||
| Groupe A | 24.10.2016 | Defensor La Bocana | - | Real Garcilaso | 0:2 | ||||
| Groupe A | 30.10.2016 | Real Garcilaso | - | Sporting Cristal | 1:0 | ||||
| Groupe A | 23.11.2016 | Unión Comercio | - | Real Garcilaso | 0:0 | ||||
| Groupe A | 27.11.2016 | Real Garcilaso | - | Deportivo Municipal | 2:1 |
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