| 6. Journée | 17.09.2023 | FC St. Pauli | - | Holstein Kiel | 5:1 | ||||
| 7. Journée | 23.09.2023 | FC St. Pauli | - | FC Schalke 04 | 3:1 |  |
|||
| 8. Journée | 30.09.2023 | Hertha BSC | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 9. Journée | 07.10.2023 | FC St. Pauli | - | 1. FC Nürnberg | 5:1 | ||||
| 12. Journée | 03.11.2023 | SV 07 Elversberg | - | FC St. Pauli | 0:2 | ||||
| 17. Journée | 17.12.2023 | FC St. Pauli | - | SV Wehen Wiesbaden | 1:1 | ||||
| 18. Journée | 20.01.2024 | FC St. Pauli | - | 1. FC Kaiserslautern | 2:0 | ||||
| 19. Journée | 27.01.2024 | Fortuna Düsseldorf | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 20. Journée | 03.02.2024 | FC St. Pauli | - | SpVgg Greuther Fürth | 3:2 | ||||
| 21. Journée | 10.02.2024 | 1. FC Magdeburg | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 22. Journée | 18.02.2024 | FC St. Pauli | - | Eintracht Braunschweig | 1:0 | ||||
| 23. Journée | 23.02.2024 | Holstein Kiel | - | FC St. Pauli | 3:4 | ||||
| 25. Journée | 10.03.2024 | FC St. Pauli | - | Hertha BSC | 2:0 | ||||
| 26. Journée | 16.03.2024 | 1. FC Nürnberg | - | FC St. Pauli | 0:2 | ||||
| 31. Journée | 26.04.2024 | FC St. Pauli | - | Hansa Rostock | 1:0 | ||||
| 33. Journée | 12.05.2024 | FC St. Pauli | - | VfL Osnabrück | 3:1 | ||||
| 34. Journée | 19.05.2024 | SV Wehen Wiesbaden | - | FC St. Pauli | 1:2 |  |
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