| Groupe C | 20.09.2012 | Fenerbahçe | - | Olympique Marseille | 2:2 |  |
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| Groupe C | 04.10.2012 | Bor. Mönchengladbach | - | Fenerbahçe | 2:4 |  |
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| Groupe C | 25.10.2012 | AEL Limassol | - | Fenerbahçe | 0:1 | ||||
| Groupe C | 08.11.2012 | Fenerbahçe | - | AEL Limassol | 2:0 | |
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| Groupe C | 22.11.2012 | Olympique Marseille | - | Fenerbahçe | 0:1 | ||||
| Groupe C | 06.12.2012 | Fenerbahçe | - | Bor. Mönchengladbach | 0:3 | ||||
| 2e tour | 14.02.2013 | BATE Borisov | - | Fenerbahçe | 0:0 | ||||
| 2e tour | 21.02.2013 | Fenerbahçe | - | BATE Borisov | 1:0 | ||||
| tour des 16 | 07.03.2013 | Viktoria Plzeň | - | Fenerbahçe | 0:1 | ||||
| tour des 16 | 14.03.2013 | Fenerbahçe | - | Viktoria Plzeň | 1:1 | ||||
| Quarts de finale | 04.04.2013 | Fenerbahçe | - | Lazio Roma | 2:0 | ||||
| Quarts de finale | 11.04.2013 | Lazio Roma | - | Fenerbahçe | 1:1 | |
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| Demi-finales | 02.05.2013 | SL Benfica | - | Fenerbahçe | 3:1 | |
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