| 2. Journée | 21.08.2012 | Wycombe Wanderers | - | Gillingham FC | 0:1 | ||||
| 3. Journée | 25.08.2012 | Dagenham & Redbridge | - | Gillingham FC | 1:2 | ||||
| 5. Journée | 08.09.2012 | Barnet FC | - | Gillingham FC | 1:3 |  |
|||
| 6. Journée | 15.09.2012 | Gillingham FC | - | Bristol Rovers | 4:0 | ||||
| 7. Journée | 18.09.2012 | Gillingham FC | - | Southend United | 1:0 | ||||
| 14. Journée | 23.10.2012 | Torquay United | - | Gillingham FC | 2:1 | ||||
| 16. Journée | 06.11.2012 | Gillingham FC | - | Cheltenham Town | 0:0 | ||||
| 18. Journée | 17.11.2012 | Gillingham FC | - | Morecambe FC | 2:1 | ||||
| 19. Journée | 20.11.2012 | Gillingham FC | - | Exeter City | 2:3 | ||||
| 20. Journée | 24.11.2012 | Accrington Stanley | - | Gillingham FC | 1:1 | ||||
| 24. Journée | 26.12.2012 | Gillingham FC | - | Barnet FC | 0:1 | ||||
| 34. Journée | 23.02.2013 | Chesterfield FC | - | Gillingham FC | 0:1 | ||||
| 41. Journée | 30.03.2013 | Fleetwood Town | - | Gillingham FC | 2:2 | ||||
| 46. Journée | 27.04.2013 | Burton Albion | - | Gillingham FC | 3:2 |
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