| 25. Journée | 09.02.2013 | Hallescher FC | - | SV Babelsberg 03 | 1:0 | ||||
| 21. Journée | 13.02.2013 | SV Darmstadt 98 | - | SV Babelsberg 03 | 0:0 | ||||
| 27. Journée | 23.02.2013 | VfL Osnabrück | - | SV Babelsberg 03 | 1:0 | ||||
| 28. Journée | 02.03.2013 | SV Babelsberg 03 | - | Arminia Bielefeld | 0:2 |  |
|||
| 31. Journée | 30.03.2013 | 1. FC Saarbrücken | - | SV Babelsberg 03 | 2:1 | ||||
| 32. Journée | 06.04.2013 | SV Babelsberg 03 | - | Kickers Offenbach | 0:0 | ||||
| 26. Journée | 10.04.2013 | SV Babelsberg 03 | - | VfB Stuttgart II | 0:0 | ||||
| 34. Journée | 20.04.2013 | SV Babelsberg 03 | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:1 | ||||
| 30. Journée | 30.04.2013 | SV Babelsberg 03 | - | Borussia Dortmund II | 1:1 | ||||
| 37. Journée | 11.05.2013 | SV Babelsberg 03 | - | Wacker Burghausen | 0:4 |
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