| 2. Journée | 18.08.2012 | Dynamo Dresden [B-jeun] | - | FC St. Pauli [B-jeun] | 3:1 | ||||
| 1. Journée | 01.09.2012 | FC St. Pauli [B-jeun] | - | RB Leipzig [B-jeun] | 2:0 |  |
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| 5. Journée | 08.09.2012 | FC St. Pauli [B-jeun] | - | Hamburger SV [B-jeun] | 2:4 |  |
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| 6. Journée | 22.09.2012 | Holstein Kiel [B-jeun] | - | FC St. Pauli [B-jeun] | 2:1 | ||||
| 7. Journée | 29.09.2012 | FC St. Pauli [B-jeun] | - | VfL Oldenburg [B-jeun] | 2:0 | |
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| 8. Journée | 21.10.2012 | Energie Cottbus [B-jeun] | - | FC St. Pauli [B-jeun] | 0:5 | ||||
| 9. Journée | 27.10.2012 | Eintracht Norderstedt [B-jeun] | - | FC St. Pauli [B-jeun] | 0:2 | ||||
| 11. Journée | 10.11.2012 | VfL Osnabrück [B-jeun] | - | FC St. Pauli [B-jeun] | 2:3 | ||||
| 4. Journée | 17.11.2012 | Rot-Weiß Erfurt [B-jeun] | - | FC St. Pauli [B-jeun] | 3:0 |
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