| 1. Journée | 05.08.2006 | Bayern München II | - | Hessen Kassel | 0:2 |  |
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| 7. Journée | 10.09.2006 | Bayern München II | - | VfR Aalen | 2:2 | ||||
| 8. Journée | 17.09.2006 | SSV Reutlingen | - | Bayern München II | 0:2 | ||||
| 9. Journée | 24.09.2006 | Bayern München II | - | Karlsruher SC II | 1:1 | ||||
| 16. Journée | 11.11.2006 | Bayern München II | - | TSV 1860 München II | 1:1 | ||||
| 19. Journée | 03.12.2006 | Bayern München II | - | SC Pfullendorf | 1:0 | ||||
| 20. Journée | 08.12.2006 | TSG Hoffenheim | - | Bayern München II | 2:2 |  |
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