| 25. Journée | 25.03.2006 | SV 07 Elversberg | - | Bayern München II | 1:0 | ||||
| 19. Journée | 28.03.2006 | Bayern München II | - | SV Wehen-Taunusstein | 4:4 | ||||
| 26. Journée | 02.04.2006 | Bayern München II | - | TuS Koblenz | 0:2 | ||||
| 21. Journée | 05.04.2006 | Bayern München II | - | SC Pfullendorf | 0:0 | ||||
| 27. Journée | 08.04.2006 | FC Augsburg | - | Bayern München II | 1:0 | ||||
| 20. Journée | 18.04.2006 | VfR Aalen | - | Bayern München II | 2:1 | ||||
| 24. Journée | 25.04.2006 | Bayern München II | - | TSG Hoffenheim | 2:0 | ||||
| 30. Journée | 28.04.2006 | Bayern München II | - | TSV 1860 München II | 1:0 | ||||
| 22. Journée | 02.05.2006 | Bayern München II | - | SV Darmstadt 98 | 1:1 | ||||
| 31. Journée | 07.05.2006 | VfB Stuttgart II | - | Bayern München II | 1:1 | ||||
| 23. Journée | 10.05.2006 | Stuttgarter Kickers | - | Bayern München II | 3:2 | ||||
| 33. Journée | 20.05.2006 | 1. FC Kaiserslautern II | - | Bayern München II | 3:0 | ||||
| 34. Journée | 27.05.2006 | Bayern München II | - | Eintracht Trier | 1:1 |
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