| 1. Journée | 05.08.2006 | VfB Lübeck | - | Bayer Leverkusen II | 1:0 | ||||
| 2. Journée | 09.08.2006 | Kickers Emden | - | VfB Lübeck | 0:1 | ||||
| 3. Journée | 12.08.2006 | VfB Lübeck | - | FC St. Pauli | 1:0 |  |
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| 4. Journée | 20.08.2006 | Hamburger SV II | - | VfB Lübeck | 1:0 | |
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| 5. Journée | 26.08.2006 | VfB Lübeck | - | Holstein Kiel | 1:1 | ||||
| 8. Journée | 16.09.2006 | VfL Osnabrück | - | VfB Lübeck | 3:2 | ||||
| 11. Journée | 13.10.2006 | VfB Lübeck | - | Dynamo Dresden | 1:0 | ||||
| 12. Journée | 21.10.2006 | 1. FC Magdeburg | - | VfB Lübeck | 0:2 | ||||
| 13. Journée | 28.10.2006 | VfB Lübeck | - | Wuppertaler SV | 5:0 |  |
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| 14. Journée | 05.11.2006 | Borussia Dortmund II | - | VfB Lübeck | 1:1 | ||||
| 16. Journée | 11.11.2006 | VfB Lübeck | - | Werder Bremen II | 0:2 |
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