| 21. Journée | 10.02.2007 | 1. FC Magdeburg | - | Holstein Kiel | 0:0 | ||||
| 22. Journée | 17.02.2007 | Bor. Mönchengladbach II | - | 1. FC Magdeburg | 1:2 | ||||
| 23. Journée | 24.02.2007 | 1. FC Magdeburg | - | Rot Weiss Ahlen | 0:2 |  |
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| 25. Journée | 10.03.2007 | 1. FC Magdeburg | - | Fortuna Düsseldorf | 2:2 | ||||
| 27. Journée | 24.03.2007 | 1. FC Magdeburg | - | Dynamo Dresden | 1:0 | ||||
| 29. Journée | 31.03.2007 | Wuppertaler SV | - | 1. FC Magdeburg | 1:3 | ||||
| 30. Journée | 07.04.2007 | 1. FC Magdeburg | - | Borussia Dortmund II | 2:2 | ||||
| 31. Journée | 13.04.2007 | VfB Lübeck | - | 1. FC Magdeburg | 0:1 | ||||
| 32. Journée | 20.04.2007 | 1. FC Magdeburg | - | Werder Bremen II | 2:0 | ||||
| 33. Journée | 27.04.2007 | Hertha BSC II | - | 1. FC Magdeburg | 0:2 | ||||
| 34. Journée | 05.05.2007 | 1. FC Magdeburg | - | 1. FC Union Berlin | 3:1 | ||||
| 36. Journée | 19.05.2007 | 1. FC Magdeburg | - | Bayer Leverkusen II | 1:1 | ||||
| 37. Journée | 26.05.2007 | Kickers Emden | - | 1. FC Magdeburg | 4:2 | ||||
| 38. Journée | 02.06.2007 | 1. FC Magdeburg | - | FC St. Pauli | 1:1 |  |
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