| 7. Journée | 27.08.2011 | SpVgg Unterhaching | - | FC Carl Zeiss Jena | 6:0 | ||||
| 8. Journée | 11.09.2011 | FC Carl Zeiss Jena | - | Chemnitzer FC | 1:2 | ||||
| 9. Journée | 14.09.2011 | Rot-Weiß Oberhausen | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:2 | ||||
| 10. Journée | 17.09.2011 | FC Carl Zeiss Jena | - | SV Sandhausen | 1:1 | ||||
| 12. Journée | 30.09.2011 | Werder Bremen II | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:2 | ||||
| 11. Journée | 08.10.2011 | FC Carl Zeiss Jena | - | SV Babelsberg 03 | 1:2 | ||||
| 13. Journée | 14.10.2011 | FC Carl Zeiss Jena | - | VfB Stuttgart II | 1:2 | ||||
| 14. Journée | 22.10.2011 | VfL Osnabrück | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:2 | ||||
| 15. Journée | 29.10.2011 | FC Carl Zeiss Jena | - | VfR Aalen | 2:3 | ||||
| 17. Journée | 19.11.2011 | FC Carl Zeiss Jena | - | Arminia Bielefeld | 4:3 |
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