| 1. Journée | 20.08.2016 | Floriana FC | - | Pembroke Athleta FC | 2:1 | ||||
| 2. Journée | 26.08.2016 | Pembroke Athleta FC | - | Balzan FC | 1:2 | ||||
| 3. Journée | 10.09.2016 | Valletta FC | - | Pembroke Athleta FC | 5:1 | ||||
| 4. Journée | 17.09.2016 | Pembroke Athleta FC | - | Hibernians FC | 1:2 | ||||
| 5. Journée | 22.09.2016 | Gżira United | - | Pembroke Athleta FC | 3:0 | ||||
| 6. Journée | 26.09.2016 | Pembroke Athleta FC | - | Birkirkara FC | 2:1 |  |
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| 7. Journée | 01.10.2016 | Pembroke Athleta FC | - | Tarxien Rainbows | 2:2 | ||||
| 8. Journée | 16.10.2016 | St. Andrews FC | - | Pembroke Athleta FC | 4:1 | |
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| 9. Journée | 23.10.2016 | Pembroke Athleta FC | - | Sliema Wanderers | 0:1 | ||||
| 10. Journée | 29.10.2016 | Hamrun Spartans | - | Pembroke Athleta FC | 2:1 | ||||
| 11. Journée | 05.11.2016 | Mosta FC | - | Pembroke Athleta FC | 0:3 | ||||
| 12. Journée | 20.11.2016 | Pembroke Athleta FC | - | Floriana FC | 1:2 | ||||
| 14. Journée | 03.12.2016 | Pembroke Athleta FC | - | Valletta FC | 0:3 |  |
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| 17. Journée | 08.01.2017 | Birkirkara FC | - | Pembroke Athleta FC | 2:0 |
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