| 1. Journée | 15.08.2008 | FC St. Pauli | - | VfL Osnabrück | 2:2 |  |
|||
| 3. Journée | 31.08.2008 | FC St. Pauli | - | Rot-Weiß Oberhausen | 4:1 | ||||
| 4. Journée | 12.09.2008 | 1. FC Kaiserslautern | - | FC St. Pauli | 4:1 | ||||
| 5. Journée | 19.09.2008 | FC St. Pauli | - | TSV 1860 München | 1:0 | ||||
| 6. Journée | 26.09.2008 | Hansa Rostock | - | FC St. Pauli | 3:0 | ||||
| 7. Journée | 05.10.2008 | FC St. Pauli | - | Alemannia Aachen | 3:2 | ||||
| 8. Journée | 19.10.2008 | FC Augsburg | - | FC St. Pauli | 3:2 | ||||
| 9. Journée | 24.10.2008 | FC St. Pauli | - | SV Wehen Wiesbaden | 2:0 | |
|||
| 15. Journée | 30.11.2008 | FC St. Pauli | - | FC Ingolstadt 04 | 1:0 | ||||
| 18. Journée | 30.01.2009 | VfL Osnabrück | - | FC St. Pauli | 2:2 | ||||
| 20. Journée | 13.02.2009 | Rot-Weiß Oberhausen | - | FC St. Pauli | 3:2 | ||||
| 31. Journée | 10.05.2009 | FC St. Pauli | - | 1. FSV Mainz 05 | 2:0 | ||||
| 33. Journée | 17.05.2009 | TuS Koblenz | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 34. Journée | 24.05.2009 | FC St. Pauli | - | FSV Frankfurt | 2:0 |
Allemagne