| 2. Journée | 10.08.2003 | 1. FC Union Berlin | - | Energie Cottbus | 0:1 | ||||
| 3. Journée | 17.08.2003 | Energie Cottbus | - | Alemannia Aachen | 3:1 | ||||
| 8. Journée | 03.10.2003 | Karlsruher SC | - | Energie Cottbus | 3:1 | ||||
| 9. Journée | 19.10.2003 | Energie Cottbus | - | Wacker Burghausen | 2:1 | ||||
| 10. Journée | 27.10.2003 | 1. FSV Mainz 05 | - | Energie Cottbus | 4:1 |  |
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| 11. Journée | 31.10.2003 | Arminia Bielefeld | - | Energie Cottbus | 1:3 | ||||
| 13. Journée | 23.11.2003 | SpVgg Greuther Fürth | - | Energie Cottbus | 2:1 | ||||
| 14. Journée | 28.11.2003 | Energie Cottbus | - | MSV Duisburg | 1:1 | ||||
| 15. Journée | 07.12.2003 | VfB Lübeck | - | Energie Cottbus | 1:1 | ||||
| 18. Journée | 01.02.2004 | Eintracht Trier | - | Energie Cottbus | 2:0 | |
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| 25. Journée | 19.03.2004 | Energie Cottbus | - | Karlsruher SC | 2:1 | ||||
| 30. Journée | 25.04.2004 | Energie Cottbus | - | SpVgg Greuther Fürth | 4:2 | ||||
| 31. Journée | 02.05.2004 | MSV Duisburg | - | Energie Cottbus | 4:2 | ||||
| 32. Journée | 09.05.2004 | Energie Cottbus | - | VfB Lübeck | 1:1 | ||||
| 33. Journée | 16.05.2004 | SpVgg Unterhaching | - | Energie Cottbus | 2:0 | ||||
| 34. Journée | 23.05.2004 | Energie Cottbus | - | Jahn Regensburg | 3:0 |
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