| Groupe G | 20.09.2012 | KRC Genk | - | Videoton FC | 3:0 |  |
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| Groupe G | 04.10.2012 | FC Basel 1893 | - | KRC Genk | 2:2 | |
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| Groupe G | 25.10.2012 | KRC Genk | - | Sporting CP | 2:1 | |
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| Groupe G | 06.12.2012 | KRC Genk | - | FC Basel 1893 | 0:0 | ||||
| 2e tour | 14.02.2013 | VfB Stuttgart | - | KRC Genk | 1:1 | ||||
| 2e tour | 21.02.2013 | KRC Genk | - | VfB Stuttgart | 0:2 |
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