| 1. Journée | 29.07.2005 | Werder Bremen II | - | FC St. Pauli | 0:1 | ||||
| 2. Journée | 03.08.2005 | FC St. Pauli | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:0 | ||||
| 5. Journée | 23.08.2005 | Fortuna Düsseldorf | - | FC St. Pauli | 2:0 | ||||
| 6. Journée | 26.08.2005 | FC St. Pauli | - | Rot-Weiß Oberhausen | 3:1 | ||||
| 7. Journée | 03.09.2005 | Wuppertaler SV | - | FC St. Pauli | 1:1 |  |
|||
| 10. Journée | 20.09.2005 | FC St. Pauli | - | Preußen Münster | 1:0 | ||||
| 11. Journée | 24.09.2005 | Chemnitzer FC | - | FC St. Pauli | 0:0 | ||||
| 12. Journée | 01.10.2005 | FC St. Pauli | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:2 | ||||
| 33. Journée | 22.04.2006 | VfL Osnabrück | - | FC St. Pauli | 2:0 | ||||
| 34. Journée | 28.04.2006 | FC St. Pauli | - | SG Wattenscheid 09 | 2:1 | ||||
| 35. Journée | 06.05.2006 | Rot-Weiss Essen | - | FC St. Pauli | 2:0 | ||||
| 36. Journée | 12.05.2006 | FC St. Pauli | - | 1. FC Köln II | 3:1 |
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