| 22. Journée | 04.03.2007 | FC St. Pauli II | - | VfL Wolfsburg II | 0:0 | ||||
| 23. Journée | 11.03.2007 | VSK Osterholz-Scharmbeck | - | FC St. Pauli II | 0:3 |  |
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| 24. Journée | 18.03.2007 | FC St. Pauli II | - | SV Henstedt-Rhen | 3:0 | ||||
| 25. Journée | 25.03.2007 | FC St. Pauli II | - | VfR Neumünster | 0:1 | ||||
| 26. Journée | 01.04.2007 | Holstein Kiel II | - | FC St. Pauli II | 3:2 | |
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| 19. Journée | 06.04.2007 | FC Oberneuland | - | FC St. Pauli II | 1:1 | ||||
| 27. Journée | 09.04.2007 | FC St. Pauli II | - | SV Meppen | 3:0 | |
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| 28. Journée | 15.04.2007 | FC St. Pauli II | - | Eintracht Nordhorn | 2:1 | |
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| 29. Journée | 22.04.2007 | VfL Osnabrück II | - | FC St. Pauli II | 1:4 |  |
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| 31. Journée | 06.05.2007 | VfL 93 Hamburg | - | FC St. Pauli II | 1:3 | ||||
| 32. Journée | 13.05.2007 | FC St. Pauli II | - | Hannover 96 II | 1:0 | ||||
| 34. Journée | 23.05.2007 | FC St. Pauli II | - | Altona 93 | 0:2 |
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