| 3. Journée | 12.08.2006 | Macclesfield Town | - | Milton Keynes Dons | 1:2 | ||||
| 4. Journée | 19.08.2006 | Milton Keynes Dons | - | Bristol Rovers | 2:0 | ||||
| 5. Journée | 26.08.2006 | Boston United | - | Milton Keynes Dons | 0:1 | ||||
| 6. Journée | 02.09.2006 | Milton Keynes Dons | - | Notts County | 3:2 | ||||
| 7. Journée | 09.09.2006 | Milton Keynes Dons | - | Hartlepool United | 0:0 |  |
|||
| 8. Journée | 12.09.2006 | Swindon Town | - | Milton Keynes Dons | 2:1 | ||||
| 9. Journée | 16.09.2006 | Lincoln City | - | Milton Keynes Dons | 2:3 | ||||
| 10. Journée | 23.09.2006 | Milton Keynes Dons | - | Chester City | 1:2 | ||||
| 11. Journée | 26.09.2006 | Milton Keynes Dons | - | Torquay United | 3:2 | ||||
| 12. Journée | 30.09.2006 | Barnet FC | - | Milton Keynes Dons | 3:3 |  |
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| 13. Journée | 06.10.2006 | Milton Keynes Dons | - | Peterborough United | 0:2 | ||||
| 14. Journée | 14.10.2006 | Wrexham FC | - | Milton Keynes Dons | 1:2 | ||||
| 15. Journée | 21.10.2006 | Milton Keynes Dons | - | Hereford United | 1:3 |
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