| 1. Journée | 26.07.2008 | Jahn Regensburg | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:2 | ||||
| 2. Journée | 02.08.2008 | VfR Aalen | - | Jahn Regensburg | 1:1 | ||||
| 3. Journée | 16.08.2008 | Jahn Regensburg | - | Werder Bremen II | 1:0 | ||||
| 4. Journée | 23.08.2008 | SC Paderborn 07 | - | Jahn Regensburg | 3:1 |  |
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| 7. Journée | 20.09.2008 | Jahn Regensburg | - | SpVgg Unterhaching | 1:2 | ||||
| 8. Journée | 26.09.2008 | SV Sandhausen | - | Jahn Regensburg | 3:0 | ||||
| 9. Journée | 04.10.2008 | Wacker Burghausen | - | Jahn Regensburg | 0:1 |  |
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| 10. Journée | 18.10.2008 | Jahn Regensburg | - | Erzgebirge Aue | 1:4 | ||||
| 11. Journée | 25.10.2008 | Rot-Weiß Erfurt | - | Jahn Regensburg | 4:1 | ||||
| 12. Journée | 29.10.2008 | Jahn Regensburg | - | Kickers Emden | 0:1 | ||||
| 13. Journée | 02.11.2008 | Bayern München II | - | Jahn Regensburg | 2:2 | ||||
| 14. Journée | 08.11.2008 | Jahn Regensburg | - | VfB Stuttgart II | 1:1 |
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