| 10. Journée | 31.08.2012 | SV Heimstetten | - | FC Augsburg II | 1:1 |  |
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| 11. Journée | 08.09.2012 | FC Augsburg II | - | TSV 1860 München II | 0:1 |  |
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| 12. Journée | 14.09.2012 | SC Eltersdorf | - | FC Augsburg II | 4:1 | ||||
| 16. Journée | 07.10.2012 | 1. FC Nürnberg II | - | FC Augsburg II | 2:0 | ||||
| 15. Journée | 17.10.2012 | FC Augsburg II | - | TSV 1860 Rosenheim | 5:0 | |
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| 18. Journée | 20.10.2012 | VfL Frohnlach | - | FC Augsburg II | 2:2 | ||||
| 19. Journée | 27.10.2012 | FC Augsburg II | - | Eintracht Bamberg | 5:2 | ||||
| 20. Journée | 02.11.2012 | FC Augsburg II | - | Bayern München II | 2:2 | ||||
| 21. Journée | 10.11.2012 | FC Ismaning | - | FC Augsburg II | 1:2 | |
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| 22. Journée | 17.11.2012 | FC Augsburg II | - | SpVgg Greuther Fürth II | 3:1 | |
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| 23. Journée | 24.11.2012 | FC Augsburg II | - | Viktoria Aschaffenburg | 5:0 | |
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