| 2. Journée | 22.07.2018 | FK Khimki | - | FK Tom Tomsk | 0:1 | ||||
| 7. Journée | 18.08.2018 | FK Tom Tomsk | - | FK Torpedo Armavir | 3:0 | ||||
| 9. Journée | 01.09.2018 | FK Tom Tomsk | - | SKA-Khabarovsk | 4:1 | ||||
| 10. Journée | 08.09.2018 | Mordovia Saransk | - | FK Tom Tomsk | 0:1 | ||||
| 13. Journée | 23.09.2018 | FK Tom Tomsk | - | FK Chertanovo | 3:1 | ||||
| 14. Journée | 30.09.2018 | Luch Vladivostok | - | FK Tom Tomsk | 2:2 | ||||
| 15. Journée | 06.10.2018 | FK Tom Tomsk | - | Sibir Novosibirsk | 1:1 |  |
|||
| 16. Journée | 13.10.2018 | FK Tom Tomsk | - | FK Sochi | 1:0 | ||||
| 17. Journée | 20.10.2018 | Avangard Kursk | - | FK Tom Tomsk | 0:0 | ||||
| 18. Journée | 24.10.2018 | FK Tom Tomsk | - | Shinnik Yaroslavl | 2:0 | ||||
| 19. Journée | 28.10.2018 | Spartak Moskva 2 | - | FK Tom Tomsk | 1:1 | ||||
| 20. Journée | 04.11.2018 | FK Tom Tomsk | - | FK Khimki | 2:0 | ||||
| 21. Journée | 10.11.2018 | Baltika Kaliningrad | - | FK Tom Tomsk | 1:0 | ||||
| 24. Journée | 24.11.2018 | Olimpiyets Nizhny Novgorod | - | FK Tom Tomsk | 2:1 | ||||
| 29. Journée | 30.03.2019 | FK Tyumen | - | FK Tom Tomsk | 1:2 | ||||
| 31. Journée | 13.04.2019 | FK Chertanovo | - | FK Tom Tomsk | 1:1 |
Russie