| 1. Journée | 31.07.1998 | FC St. Pauli | - | TeBe Berlin | 1:0 | ||||
| 3. Journée | 13.08.1998 | FC St. Pauli | - | SG Wattenscheid 09 | 1:0 |  |
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| 4. Journée | 17.08.1998 | Karlsruher SC | - | FC St. Pauli | 3:0 |  |
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| 5. Journée | 24.08.1998 | FC St. Pauli | - | Arminia Bielefeld | 1:2 | |
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| 9. Journée | 02.10.1998 | FC St. Pauli | - | SSV Ulm 1846 | 0:1 | ||||
| 16. Journée | 01.12.1998 | FC St. Pauli | - | KFC Uerdingen 05 | 2:3 | ||||
| 19. Journée | 20.12.1998 | FC St. Pauli | - | SpVgg Greuther Fürth | 0:2 | ||||
| 20. Journée | 26.02.1999 | SG Wattenscheid 09 | - | FC St. Pauli | 4:2 | ||||
| 27. Journée | 23.04.1999 | FC St. Pauli | - | 1. FSV Mainz 05 | 2:1 | ||||
| 30. Journée | 14.05.1999 | FC St. Pauli | - | Rot-Weiß Oberhausen | 1:1 | ||||
| 33. Journée | 13.06.1999 | KFC Uerdingen 05 | - | FC St. Pauli | 1:1 |
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