| 1. Journée | 01.08.2016 | FK Krasnodar | - | FK Tom Tomsk | 3:0 | ||||
| 2. Journée | 08.08.2016 | FK Krasnodar | - | Terek Grozny | 4:0 | ||||
| 3. Journée | 13.08.2016 | Krylia Sovetov | - | FK Krasnodar | 1:1 | ||||
| 4. Journée | 21.08.2016 | Spartak Moskva | - | FK Krasnodar | 2:0 | ||||
| 5. Journée | 28.08.2016 | FK Krasnodar | - | Lokomotiv Moskva | 1:2 | ||||
| 7. Journée | 18.09.2016 | FK Krasnodar | - | FK Rostov | 2:1 | ||||
| 8. Journée | 24.09.2016 | CSKA Moskva | - | FK Krasnodar | 1:1 | ||||
| 9. Journée | 02.10.2016 | FK Krasnodar | - | Rubin Kazan | 1:0 | ||||
| 11. Journée | 23.10.2016 | FK Krasnodar | - | FK Amkar Perm | 1:0 | ||||
| 12. Journée | 30.10.2016 | Anzhi Makhachkala | - | FK Krasnodar | 0:0 | ||||
| 14. Journée | 20.11.2016 | FK Krasnodar | - | FK Ural | 3:0 | ||||
| 15. Journée | 27.11.2016 | FK Krasnodar | - | Zenit St. Petersburg | 2:1 |  |
|||
| 17. Journée | 05.12.2016 | FK Krasnodar | - | Krylia Sovetov | 1:1 |
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