| 1. Journée | 20.08.2006 | AO Egaleo | - | Panathinaikos | 1:4 | ||||
| 3. Journée | 09.09.2006 | Panathinaikos | - | Skoda Xanthi | 1:0 |  |
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| 4. Journée | 17.09.2006 | Panionios GSS | - | Panathinaikos | 0:1 | |
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| 5. Journée | 24.09.2006 | Panathinaikos | - | PAOK Saloniki | 2:1 | ||||
| 6. Journée | 01.10.2006 | OFI Heraklion | - | Panathinaikos | 3:3 | ||||
| 7. Journée | 23.10.2006 | Panathinaikos | - | AEK Athen | 1:2 | |
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| 8. Journée | 29.10.2006 | Iraklis Saloniki | - | Panathinaikos | 0:1 | ||||
| 9. Journée | 05.11.2006 | Panathinaikos | - | Olympiakos Piraeus | 1:0 | |
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| 10. Journée | 12.11.2006 | Ergotelis | - | Panathinaikos | 0:1 | ||||
| 12. Journée | 26.11.2006 | Panathinaikos | - | Apollon Kalamarias | 3:2 | ||||
| 13. Journée | 03.12.2006 | Aris Saloniki | - | Panathinaikos | 1:0 | ||||
| 14. Journée | 09.12.2006 | Panathinaikos | - | AE Lárissa | 1:0 | |
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| 15. Journée | 17.12.2006 | AO Kerkyra | - | Panathinaikos | 3:1 | |
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| 16. Journée | 07.01.2007 | Panathinaikos | - | AO Egaleo | 1:0 | ||||
| 17. Journée | 14.01.2007 | Ionikos Nikea | - | Panathinaikos | 0:4 | ||||
| 27. Journée | 15.04.2007 | Apollon Kalamarias | - | Panathinaikos | 1:1 | ||||
| 28. Journée | 22.04.2007 | Panathinaikos | - | Aris Saloniki | 0:1 | |
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