| 1. Journée | 29.07.2006 | HNK Šibenik | - | NK Osijek | 1:2 | ||||
| 2. Journée | 04.08.2006 | Dinamo Zagreb | - | HNK Šibenik | 4:3 |  |
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| 3. Journée | 12.08.2006 | HNK Šibenik | - | Slaven Belupo | 2:1 | |
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| 4. Journée | 19.08.2006 | HNK Šibenik | - | NK Pula 1856 | 1:0 | |
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| 5. Journée | 26.08.2006 | NK Međimurje | - | HNK Šibenik | 2:1 | ||||
| 6. Journée | 09.09.2006 | HNK Šibenik | - | HNK Cibalia | 1:0 | ||||
| 7. Journée | 16.09.2006 | Kamen Ingrad | - | HNK Šibenik | 3:1 | |
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| 8. Journée | 23.09.2006 | HNK Šibenik | - | NK Zagreb | 1:0 | ||||
| 9. Journée | 30.09.2006 | HNK Rijeka | - | HNK Šibenik | 1:3 | ||||
| 10. Journée | 14.10.2006 | HNK Šibenik | - | Hajduk Split | 1:2 | |
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| 11. Journée | 21.10.2006 | NK Varteks | - | HNK Šibenik | 2:1 | ||||
| 12. Journée | 28.10.2006 | NK Osijek | - | HNK Šibenik | 1:1 | ||||
| 13. Journée | 04.11.2006 | HNK Šibenik | - | Dinamo Zagreb | 2:1 | |
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| 14. Journée | 08.11.2006 | Slaven Belupo | - | HNK Šibenik | 1:1 | ||||
| 15. Journée | 11.11.2006 | NK Pula 1856 | - | HNK Šibenik | 1:1 | ||||
| 16. Journée | 18.11.2006 | HNK Šibenik | - | NK Međimurje | 3:0 | ||||
| 18. Journée | 02.12.2006 | HNK Šibenik | - | Kamen Ingrad | 4:1 | |
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