| 1er tour | 17.09.1998 | Rudar Velenje | - | NK Varteks | 0:1 | ||||
| 1er tour | 01.10.1998 | NK Varteks | - | Rudar Velenje | 1:0 | ||||
| 2e tour | 22.10.1998 | sc Heerenveen | - | NK Varteks | 2:1 | ||||
| 2e tour | 05.11.1998 | NK Varteks | - | sc Heerenveen | 4:2 ap | ||||
| Quarts de finale | 04.03.1999 | NK Varteks | - | RCD Mallorca | 0:0 | ||||
| Quarts de finale | 18.03.1999 | RCD Mallorca | - | NK Varteks | 3:1 |  |
Croatie