| 6. Journée | 28.09.2008 | TSV 1860 München | - | FC Ingolstadt 04 | 1:1 |  |
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| 7. Journée | 05.10.2008 | FC Ingolstadt 04 | - | Hansa Rostock | 4:2 | ||||
| 10. Journée | 28.10.2008 | SV Wehen Wiesbaden | - | FC Ingolstadt 04 | 0:0 | ||||
| 15. Journée | 30.11.2008 | FC St. Pauli | - | FC Ingolstadt 04 | 1:0 |  |
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| 19. Journée | 08.02.2009 | FC Ingolstadt 04 | - | Rot-Weiß Oberhausen | 0:0 | ||||
| 24. Journée | 15.03.2009 | Hansa Rostock | - | FC Ingolstadt 04 | 1:1 | ||||
| 26. Journée | 03.04.2009 | FC Augsburg | - | FC Ingolstadt 04 | 1:1 | ||||
| 27. Journée | 09.04.2009 | FC Ingolstadt 04 | - | SV Wehen Wiesbaden | 0:0 | ||||
| 28. Journée | 19.04.2009 | SC Freiburg | - | FC Ingolstadt 04 | 3:2 | ||||
| 29. Journée | 26.04.2009 | FC Ingolstadt 04 | - | 1. FSV Mainz 05 | 3:4 | |
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| 30. Journée | 03.05.2009 | 1. FC Nürnberg | - | FC Ingolstadt 04 | 1:0 | ||||
| 31. Journée | 10.05.2009 | FC Ingolstadt 04 | - | Rot Weiss Ahlen | 0:2 | |
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| 32. Journée | 14.05.2009 | FC Ingolstadt 04 | - | FC St. Pauli | 0:1 | ||||
| 33. Journée | 17.05.2009 | FSV Frankfurt | - | FC Ingolstadt 04 | 1:1 | ||||
| 34. Journée | 24.05.2009 | FC Ingolstadt 04 | - | TuS Koblenz | 4:0 | |
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