| 1. Journée | 31.08.2008 | AEK Athen | - | Panathinaikos | 2:1 | ||||
| 2. Journée | 13.09.2008 | Panathinaikos | - | Panthrakikos | 3:0 |  |
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| 3. Journée | 20.09.2008 | Aris Saloniki | - | Panathinaikos | 1:2 | |
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| 5. Journée | 05.10.2008 | Panathinaikos | - | Levadiakos | 2:0 |  |
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| 6. Journée | 19.10.2008 | PAOK Saloniki | - | Panathinaikos | 0:0 | |
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| 7. Journée | 26.10.2008 | Panathinaikos | - | Iraklis Saloniki | 2:2 | ||||
| 11. Journée | 22.11.2008 | Panathinaikos | - | Thrasyvoulos Fylis | 3:0 | |
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| 12. Journée | 29.11.2008 | Panathinaikos | - | Asteras Tripolis | 1:1 | |
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| 15. Journée | 21.12.2008 | OFI Heraklion | - | Panathinaikos | 0:3 | ||||
| 17. Journée | 10.01.2009 | Panthrakikos | - | Panathinaikos | 1:3 | ||||
| 20. Journée | 01.02.2009 | Levadiakos | - | Panathinaikos | 1:2 | |
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| 23. Journée | 21.02.2009 | Panathinaikos | - | Panionios GSS | 2:1 | ||||
| 24. Journée | 01.03.2009 | Olympiakos Piraeus | - | Panathinaikos | 0:0 | ||||
| 25. Journée | 07.03.2009 | Panathinaikos | - | AE Lárissa | 3:0 | ||||
| 28. Journée | 05.04.2009 | Panathinaikos | - | Skoda Xanthi | 2:0 | |
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| 29. Journée | 12.04.2009 | Panserraikos | - | Panathinaikos | 0:0 | |
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| 30. Journée | 26.04.2009 | Panathinaikos | - | OFI Heraklion | 3:1 |
Autriche