| 1er tour | 28.09.2006 | Metalurg Zaporizhya | - | Panathinaikos | 0:1 | ||||
| Groupe G | 19.10.2006 | Panathinaikos | - | Hapoel Tel Aviv | 2:0 | ||||
| Groupe G | 02.11.2006 | FK Mladá Boleslav | - | Panathinaikos | 0:1 | ||||
| Groupe G | 30.11.2006 | Panathinaikos | - | Rapid Bucureşti | 0:0 | ||||
| Groupe G | 13.12.2006 | Paris Saint-Germain | - | Panathinaikos | 4:0 | ||||
| 3e tour | 15.02.2007 | RC Lens | - | Panathinaikos | 3:1 | ||||
| 3e tour | 22.02.2007 | Panathinaikos | - | RC Lens | 0:0 |  |
Autriche