| 1. Journée | 12.08.2000 | LR Ahlen | - | FC St. Pauli | 3:6 | ||||
| 2. Journée | 18.08.2000 | FC St. Pauli | - | Waldhof Mannheim | 5:0 | ||||
| 3. Journée | 05.09.2000 | SSV Reutlingen | - | FC St. Pauli | 2:0 | ||||
| 5. Journée | 15.09.2000 | MSV Duisburg | - | FC St. Pauli | 4:1 | ||||
| 7. Journée | 30.09.2000 | Bor. Mönchengladbach | - | FC St. Pauli | 4:2 | ||||
| 9. Journée | 20.10.2000 | Chemnitzer FC | - | FC St. Pauli | 1:3 | ||||
| 10. Journée | 29.10.2000 | FC St. Pauli | - | 1. FC Saarbrücken | 2:2 | ||||
| 12. Journée | 11.11.2000 | FC St. Pauli | - | SSV Ulm 1846 | 1:0 | ||||
| 13. Journée | 19.11.2000 | Rot-Weiß Oberhausen | - | FC St. Pauli | 2:3 | ||||
| 14. Journée | 27.11.2000 | FC St. Pauli | - | 1. FSV Mainz 05 | 2:2 | ||||
| 17. Journée | 14.12.2000 | FC St. Pauli | - | 1. FC Nürnberg | 1:0 |
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