| 1. Journée | 06.08.2016 | SV Sandhausen | - | Fortuna Düsseldorf | 2:2 |  |
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| 2. Journée | 12.08.2016 | Fortuna Düsseldorf | - | VfB Stuttgart | 1:0 | ||||
| 4. Journée | 11.09.2016 | Fortuna Düsseldorf | - | SpVgg Greuther Fürth | 1:1 | |
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| 5. Journée | 17.09.2016 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Fortuna Düsseldorf | 2:0 | |
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| 6. Journée | 20.09.2016 | Fortuna Düsseldorf | - | VfL Bochum | 3:0 | ||||
| 7. Journée | 23.09.2016 | Eintracht Braunschweig | - | Fortuna Düsseldorf | 2:1 | |
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| 8. Journée | 01.10.2016 | Fortuna Düsseldorf | - | Karlsruher SC | 1:1 | ||||
| 18. Journée | 27.01.2017 | Fortuna Düsseldorf | - | SV Sandhausen | 0:3 | ||||
| 19. Journée | 06.02.2017 | VfB Stuttgart | - | Fortuna Düsseldorf | 2:0 | |
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| 26. Journée | 31.03.2017 | Fortuna Düsseldorf | - | TSV 1860 München | 0:1 | ||||
| 27. Journée | 04.04.2017 | Arminia Bielefeld | - | Fortuna Düsseldorf | 2:1 | |
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| 30. Journée | 21.04.2017 | Fortuna Düsseldorf | - | FC St. Pauli | 1:3 | ||||
| 31. Journée | 30.04.2017 | Hannover 96 | - | Fortuna Düsseldorf | 1:0 | |
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| 32. Journée | 06.05.2017 | Fortuna Düsseldorf | - | Würzburger Kickers | 1:1 | ||||
| 33. Journée | 14.05.2017 | 1. FC Nürnberg | - | Fortuna Düsseldorf | 2:3 |
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