| 12. Journée | 21.10.2006 | Dynamo Dresden | - | Werder Bremen II | 1:4 | ||||
| 15. Journée | 08.11.2006 | Werder Bremen II | - | Borussia Dortmund II | 0:1 | ||||
| 16. Journée | 11.11.2006 | VfB Lübeck | - | Werder Bremen II | 0:2 | ||||
| 18. Journée | 26.11.2006 | Werder Bremen II | - | Hertha BSC II | 0:1 | ||||
| 19. Journée | 01.12.2006 | 1. FC Union Berlin | - | Werder Bremen II | 0:2 |  |
|||
| 22. Journée | 17.02.2007 | Kickers Emden | - | Werder Bremen II | 4:2 | ||||
| 20. Journée | 21.02.2007 | SV Wilhelmshaven | - | Werder Bremen II | 2:1 | ||||
| 32. Journée | 20.04.2007 | 1. FC Magdeburg | - | Werder Bremen II | 2:0 | ||||
| 35. Journée | 13.05.2007 | Werder Bremen II | - | VfB Lübeck | 2:0 | |
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