| 1. Journée | 31.07.1998 | Waldhof Mannheim | - | Wacker Burghausen | 1:1 |  |
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| 2. Journée | 07.08.1998 | Wacker Burghausen | - | SC Pfullendorf | 2:1 | ||||
| 24. Journée | 27.03.1999 | Wacker Burghausen | - | FSV Frankfurt | 2:0 | ||||
| 25. Journée | 01.04.1999 | SC Weismain | - | Wacker Burghausen | 1:1 | ||||
| 27. Journée | 17.04.1999 | SC Neukirchen | - | Wacker Burghausen | 2:2 | |
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| 28. Journée | 23.04.1999 | Wacker Burghausen | - | TSF Ditzingen | 3:0 | ||||
| 29. Journée | 30.04.1999 | Kickers Offenbach | - | Wacker Burghausen | 2:2 | ||||
| 30. Journée | 07.05.1999 | Wacker Burghausen | - | Bayern München II | 0:0 | |
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| 31. Journée | 12.05.1999 | SSV Reutlingen | - | Wacker Burghausen | 1:2 | ||||
| 32. Journée | 15.05.1999 | SV Wehen-Taunusstein | - | Wacker Burghausen | 3:2 | |
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| 33. Journée | 21.05.1999 | Wacker Burghausen | - | FC Augsburg | 1:0 | ||||
| 34. Journée | 28.05.1999 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | Wacker Burghausen | 2:3 | |
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