| 1. Journée | 26.07.2008 | Jahn Regensburg | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:2 | ||||
| 2. Journée | 02.08.2008 | VfR Aalen | - | Jahn Regensburg | 1:1 | ||||
| 3. Journée | 16.08.2008 | Jahn Regensburg | - | Werder Bremen II | 1:0 | ||||
| 4. Journée | 23.08.2008 | SC Paderborn 07 | - | Jahn Regensburg | 3:1 | ||||
| 5. Journée | 30.08.2008 | Jahn Regensburg | - | Stuttgarter Kickers | 1:1 | ||||
| 6. Journée | 13.09.2008 | Fortuna Düsseldorf | - | Jahn Regensburg | 3:1 | ||||
| 8. Journée | 26.09.2008 | SV Sandhausen | - | Jahn Regensburg | 3:0 | ||||
| 9. Journée | 04.10.2008 | Wacker Burghausen | - | Jahn Regensburg | 0:1 | ||||
| 10. Journée | 18.10.2008 | Jahn Regensburg | - | Erzgebirge Aue | 1:4 | ||||
| 11. Journée | 25.10.2008 | Rot-Weiß Erfurt | - | Jahn Regensburg | 4:1 | ||||
| 12. Journée | 29.10.2008 | Jahn Regensburg | - | Kickers Emden | 0:1 | ||||
| 13. Journée | 02.11.2008 | Bayern München II | - | Jahn Regensburg | 2:2 | ||||
| 14. Journée | 08.11.2008 | Jahn Regensburg | - | VfB Stuttgart II | 1:1 | ||||
| 16. Journée | 21.11.2008 | Jahn Regensburg | - | 1. FC Union Berlin | 0:2 |  |
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| 17. Journée | 29.11.2008 | Wuppertaler SV | - | Jahn Regensburg | 0:0 | |
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| 18. Journée | 06.12.2008 | Jahn Regensburg | - | Dynamo Dresden | 1:0 |
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