| 1. Journée | 14.08.2016 | SC Paderborn 07 II | - | SuS Neuenkirchen | 0:0 | ||||
| 2. Journée | 21.08.2016 | TuS Ennepetal | - | SC Paderborn 07 II | 3:2 | ||||
| 4. Journée | 04.09.2016 | 1. FC Kaan-Marienborn | - | SC Paderborn 07 II | 0:0 | ||||
| 5. Journée | 11.09.2016 | ASC 09 Dortmund | - | SC Paderborn 07 II | 1:1 | ||||
| 6. Journée | 18.09.2016 | SC Paderborn 07 II | - | SuS Stadtlohn | 0:2 | ||||
| 7. Journée | 25.09.2016 | TuS Erndtebrück | - | SC Paderborn 07 II | 3:1 | ||||
| 8. Journée | 02.10.2016 | SC Paderborn 07 II | - | Roland Beckum | 0:1 | ||||
| 9. Journée | 09.10.2016 | Hammer SpVg | - | SC Paderborn 07 II | 2:1 | ||||
| 10. Journée | 16.10.2016 | SC Paderborn 07 II | - | FCE Rheine | 0:0 | ||||
| 18. Journée | 18.12.2016 | SuS Neuenkirchen | - | SC Paderborn 07 II | 1:1 | ||||
| 25. Journée | 02.04.2017 | Roland Beckum | - | SC Paderborn 07 II | 2:3 | ||||
| 28. Journée | 17.04.2017 | SC Paderborn 07 II | - | TSV Marl-Hüls | 6:0 | ||||
| 30. Journée | 30.04.2017 | SC Paderborn 07 II | - | SpVgg Erkenschwick | 3:0 | ||||
| 32. Journée | 14.05.2017 | SC Paderborn 07 II | - | Arminia Bielefeld II | 2:1 |  |
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