| 17. Journée | 28.02.2009 | FC Lausanne-Sport | - | FC Gossau | 1:1 | ||||
| 20. Journée | 20.03.2009 | FC Gossau | - | FC Stade Nyonnais | 2:3 | ||||
| 16. Journée | 28.03.2009 | FC Gossau | - | FC Wil 1900 | 0:0 | ||||
| 21. Journée | 03.04.2009 | FC Concordia Basel | - | FC Gossau | 2:1 | ||||
| 22. Journée | 09.04.2009 | FC La Chaux-de-Fonds | - | FC Gossau | 3:1 |  |
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| 24. Journée | 22.04.2009 | FC Gossau | - | FC Schaffhausen | 1:0 | ||||
| 25. Journée | 25.04.2009 | FC St. Gallen | - | FC Gossau | 4:1 | ||||
| 26. Journée | 02.05.2009 | FC Gossau | - | Yverdon Sport FC | 0:4 | |
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| 27. Journée | 09.05.2009 | FC Biel/Bienne | - | FC Gossau | 4:1 | ||||
| 29. Journée | 24.05.2009 | FC Gossau | - | FC Locarno | 0:4 | ||||
| 30. Journée | 30.05.2009 | Servette FC | - | FC Gossau | 4:0 | |
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