| 17. Journée | 05.12.2016 | FK Ufa | - | FK Tom Tomsk | 1:0 |  |
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| 18. Journée | 03.03.2017 | FK Tom Tomsk | - | FK Rostov | 0:6 | ||||
| 19. Journée | 11.03.2017 | CSKA Moskva | - | FK Tom Tomsk | 4:0 | ||||
| 20. Journée | 18.03.2017 | FK Tom Tomsk | - | FK Amkar Perm | 1:0 | ||||
| 21. Journée | 01.04.2017 | Arsenal Tula | - | FK Tom Tomsk | 3:0 | ||||
| 22. Journée | 10.04.2017 | FK Tom Tomsk | - | Rubin Kazan | 2:2 |  |
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| 23. Journée | 16.04.2017 | FK Ural | - | FK Tom Tomsk | 1:0 | ||||
| 24. Journée | 23.04.2017 | FK Tom Tomsk | - | FK Orenburg | 1:2 | ||||
| 25. Journée | 27.04.2017 | Anzhi Makhachkala | - | FK Tom Tomsk | 3:3 | |
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| 26. Journée | 01.05.2017 | FK Tom Tomsk | - | Zenit St. Petersburg | 0:2 | |
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| 27. Journée | 06.05.2017 | Spartak Moskva | - | FK Tom Tomsk | 1:0 | |
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| 29. Journée | 17.05.2017 | FK Tom Tomsk | - | Krylia Sovetov | 0:2 | ||||
| 30. Journée | 21.05.2017 | FK Tom Tomsk | - | FK Krasnodar | 1:5 | |
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