| 5. Journée | 12.04.2008 | FK Tom Tomsk | - | Shinnik Yaroslavl | 2:1 |  |
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| 6. Journée | 19.04.2008 | Krylia Sovetov | - | FK Tom Tomsk | 3:0 | ||||
| 12. Journée | 06.07.2008 | Zenit St. Petersburg | - | FK Tom Tomsk | 5:1 | |
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| 13. Journée | 13.07.2008 | FK Tom Tomsk | - | Spartak Nalchik | 1:0 | ||||
| 14. Journée | 19.07.2008 | FK Tom Tomsk | - | FK Khimki | 3:1 |  |
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| 15. Journée | 26.07.2008 | FK Amkar Perm | - | FK Tom Tomsk | 0:0 | ||||
| 16. Journée | 02.08.2008 | FK Tom Tomsk | - | Spartak Moskva | 0:1 | ||||
| 18. Journée | 15.08.2008 | FK Tom Tomsk | - | Rubin Kazan | 1:2 | ||||
| 21. Journée | 13.09.2008 | FK Saturn | - | FK Tom Tomsk | 2:0 | ||||
| 24. Journée | 04.10.2008 | FK Tom Tomsk | - | Lokomotiv Moskva | 0:1 | ||||
| 25. Journée | 18.10.2008 | Luch-Energiya Vladivostok | - | FK Tom Tomsk | 0:0 | ||||
| 27. Journée | 02.11.2008 | Spartak Nalchik | - | FK Tom Tomsk | 1:1 | ||||
| 28. Journée | 07.11.2008 | FK Khimki | - | FK Tom Tomsk | 1:1 | ||||
| 29. Journée | 16.11.2008 | FK Tom Tomsk | - | FK Amkar Perm | 0:1 | |
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| 30. Journée | 22.11.2008 | Dinamo Moskva | - | FK Tom Tomsk | 2:0 |
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