| 13. Journée | 28.09.2015 | Luch-Energiya Vladivostok | - | FK Tom Tomsk | 0:3 | ||||
| 14. Journée | 04.10.2015 | FK Tom Tomsk | - | SKA-Energiya Khabarovsk | 2:0 | ||||
| 19. Journée | 01.11.2015 | FK Kamaz | - | FK Tom Tomsk | 0:1 | ||||
| 20. Journée | 08.11.2015 | FK Tom Tomsk | - | Fakel Voronezh | 0:0 | ||||
| 21. Journée | 15.11.2015 | FK Radian-Baikal Irkutsk | - | FK Tom Tomsk | 1:2 | ||||
| 22. Journée | 21.11.2015 | Zenit St. Petersburg 2 | - | FK Tom Tomsk | 0:0 | ||||
| 23. Journée | 25.11.2015 | Arsenal Tula | - | FK Tom Tomsk | 1:2 |  |
|||
| 24. Journée | 29.11.2015 | FK Tosno | - | FK Tom Tomsk | 3:1 | ||||
| 25. Journée | 12.03.2016 | FK Torpedo Armavir | - | FK Tom Tomsk | 1:1 | ||||
| 26. Journée | 16.03.2016 | Gazovik Orenburg | - | FK Tom Tomsk | 1:0 | ||||
| 38. Journée | 21.05.2016 | Spartak Moskva 2 | - | FK Tom Tomsk | 0:1 |
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