| 1er tour | 25.09.2003 | Girondins Bordeaux | - | FK Artmedia Petržalka | 2:1 |  |
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| 1er tour | 15.10.2003 | FK Artmedia Petržalka | - | Girondins Bordeaux | 1:1 | ||||
| 2e tour | 06.11.2003 | Girondins Bordeaux | - | Heart of Midlothian | 0:1 | ||||
| 2e tour | 27.11.2003 | Heart of Midlothian | - | Girondins Bordeaux | 0:2 | |
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| 3e tour | 26.02.2004 | Groclin Dyskobolia | - | Girondins Bordeaux | 0:1 | ||||
| 3e tour | 03.03.2004 | Girondins Bordeaux | - | Groclin Dyskobolia | 4:1 | |
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| tour des 16 | 11.03.2004 | Girondins Bordeaux | - | Club Brugge KV | 3:1 | |
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| tour des 16 | 25.03.2004 | Club Brugge KV | - | Girondins Bordeaux | 0:1 | ||||
| Quarts de finale | 08.04.2004 | Girondins Bordeaux | - | Valencia CF | 1:2 | |
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| Quarts de finale | 14.04.2004 | Valencia CF | - | Girondins Bordeaux | 2:1 | |
Espagne