| 1. Journée | 05.03.2016 | FC Levadia | - | FC Flora | 0:0 | ||||
| 3. Journée | 12.03.2016 | FC Flora | - | JK Narva Trans | 3:0 |  |
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| 4. Journée | 19.03.2016 | JK Nõmme Kalju | - | FC Flora | 2:0 | ||||
| 5. Journée | 01.04.2016 | FC Infonet | - | FC Flora | 1:1 | |
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| 6. Journée | 04.04.2016 | FC Flora | - | JK Tammeka | 0:0 | ||||
| 7. Journée | 08.04.2016 | FC Flora | - | JK Sillamäe Kalev | 0:0 | ||||
| 8. Journée | 16.04.2016 | Paide Linnameeskond | - | FC Flora | 1:1 | ||||
| 9. Journée | 22.04.2016 | Pärnu Linnameeskond | - | FC Flora | 0:3 | ||||
| 17. Journée | 26.04.2016 | FC Flora | - | FC Levadia | 1:2 | ||||
| 10. Journée | 29.04.2016 | FC Flora | - | Pärnu Linnameeskond | 6:0 | |
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| 11. Journée | 06.05.2016 | FC Flora | - | Paide Linnameeskond | 2:0 | |
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| 15. Journée | 10.05.2016 | FC Flora | - | JK Nõmme Kalju | 0:0 | ||||
| 12. Journée | 13.05.2016 | JK Sillamäe Kalev | - | FC Flora | 2:4 | |
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| 13. Journée | 16.05.2016 | FC Flora | - | JK Tammeka | 0:0 | ||||
| 14. Journée | 24.05.2016 | JK Narva Trans | - | FC Flora | 1:2 | ||||
| 16. Journée | 19.06.2016 | Rakvere JK Tarvas | - | FC Flora | 0:5 | |
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| 18. Journée | 10.07.2016 | FC Infonet | - | FC Flora | 4:3 | |
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