| 9. Journée | 21.04.2012 | FC Flora | - | JK Narva Trans | 2:1 |  |
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| 21. Journée | 30.07.2012 | FC Flora | - | Paide Linnameeskond | 3:0 | |
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| 24. Journée | 20.08.2012 | FC Levadia | - | FC Flora | 5:4 | |
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| 25. Journée | 25.08.2012 | FC Flora | - | JK Tammeka | 5:1 | |
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| 32. Journée | 02.10.2012 | FC Kuressaare | - | FC Flora | 0:2 | |
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| 34. Journée | 20.10.2012 | Paide Linnameeskond | - | FC Flora | 0:6 | |
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| 35. Journée | 27.10.2012 | FC Flora | - | JK Nõmme Kalju | 1:0 | |
Estonie