| 1er tour | 18.09.2008 | Sporting Braga | - | FC Artmedia Petržalka | 4:0 |  |
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| 1er tour | 02.10.2008 | FC Artmedia Petržalka | - | Sporting Braga | 0:2 | ||||
| Groupe E | 23.10.2008 | Sporting Braga | - | Portsmouth FC | 3:0 | ||||
| Groupe E | 06.11.2008 | AC Milan | - | Sporting Braga | 1:0 | ||||
| Groupe E | 27.11.2008 | Sporting Braga | - | VfL Wolfsburg | 2:3 | |
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| Groupe E | 04.12.2008 | sc Heerenveen | - | Sporting Braga | 1:2 | ||||
| 3e tour | 18.02.2009 | Sporting Braga | - | Standard Liège | 3:0 | ||||
| 3e tour | 26.02.2009 | Standard Liège | - | Sporting Braga | 1:1 |
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