| 18. Journée | 22.01.2006 | SC Paderborn 07 | - | SpVgg Unterhaching | 1:1 | ||||
| 19. Journée | 28.01.2006 | 1. FC Saarbrücken | - | SC Paderborn 07 | 0:0 | ||||
| 22. Journée | 19.02.2006 | SC Paderborn 07 | - | Hansa Rostock | 3:0 | ||||
| 24. Journée | 05.03.2006 | SC Paderborn 07 | - | Dynamo Dresden | 0:2 | ||||
| 27. Journée | 24.03.2006 | Eintracht Braunschweig | - | SC Paderborn 07 | 2:0 |  |
|||
| 29. Journée | 09.04.2006 | SC Freiburg | - | SC Paderborn 07 | 1:0 | ||||
| 30. Journée | 13.04.2006 | Sportfreunde Siegen | - | SC Paderborn 07 | 0:2 | ||||
| 32. Journée | 02.05.2006 | Wacker Burghausen | - | SC Paderborn 07 | 5:1 | ||||
| 33. Journée | 07.05.2006 | SC Paderborn 07 | - | Erzgebirge Aue | 0:2 | |
|||
| 34. Journée | 14.05.2006 | Karlsruher SC | - | SC Paderborn 07 | 2:3 |  |
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