| 1. Journée | 31.07.2016 | 1. FC Magdeburg | - | Fortuna Köln | 0:3 | ||||
| 4. Journée | 13.08.2016 | VfL Osnabrück | - | 1. FC Magdeburg | 3:2 |  |
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| 5. Journée | 26.08.2016 | 1. FC Magdeburg | - | MSV Duisburg | 1:2 | ||||
| 2. Journée | 01.09.2016 | FSV Zwickau | - | 1. FC Magdeburg | 0:0 | ||||
| 6. Journée | 10.09.2016 | 1. FSV Mainz 05 II | - | 1. FC Magdeburg | 1:0 | ||||
| 10. Journée | 01.10.2016 | 1. FC Magdeburg | - | Holstein Kiel | 1:0 |  |
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| 12. Journée | 22.10.2016 | 1. FC Magdeburg | - | Chemnitzer FC | 2:4 | ||||
| 15. Journée | 19.11.2016 | SG Sonnenhof Großaspach | - | 1. FC Magdeburg | 1:3 | ||||
| 17. Journée | 04.12.2016 | FSV Frankfurt | - | 1. FC Magdeburg | 0:1 | ||||
| 32. Journée | 09.04.2017 | 1. FC Magdeburg | - | Jahn Regensburg | 1:2 | ||||
| 33. Journée | 15.04.2017 | Hansa Rostock | - | 1. FC Magdeburg | 1:1 | ||||
| 36. Journée | 06.05.2017 | 1. FC Magdeburg | - | FSV Frankfurt | 1:1 | ||||
| 37. Journée | 13.05.2017 | VfR Aalen | - | 1. FC Magdeburg | 2:2 | |
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