| 3. Journée | 28.07.2012 | Viktoria Aschaffenburg | - | Würzburger Kickers | 0:3 | ||||
| 5. Journée | 07.08.2012 | SV Seligenporten | - | Würzburger Kickers | 4:1 | ||||
| 20. Journée | 03.11.2012 | Würzburger Kickers | - | FC Ismaning | 0:5 | ||||
| 22. Journée | 17.11.2012 | Würzburger Kickers | - | Viktoria Aschaffenburg | 1:1 | ||||
| 23. Journée | 24.11.2012 | TSV 1896 Rain | - | Würzburger Kickers | 2:0 | ||||
| 30. Journée | 28.03.2013 | SC Eltersdorf | - | Würzburger Kickers | 1:3 | ||||
| 26. Journée | 30.04.2013 | FC Augsburg II | - | Würzburger Kickers | 0:1 |  |
|||
| 35. Journée | 04.05.2013 | Würzburger Kickers | - | TSV Buchbach | 4:0 | ||||
| 36. Journée | 11.05.2013 | VfL Frohnlach | - | Würzburger Kickers | 2:4 | ||||
| 38. Journée | 24.05.2013 | Bayern München II | - | Würzburger Kickers | 6:1 |
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