| 14. Journée | 03.01.2021 | SpVgg Greuther Fürth | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 12. Journée | 06.01.2021 | Würzburger Kickers | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 15. Journée | 09.01.2021 | FC St. Pauli | - | Holstein Kiel | 1:1 |  |
|||
| 16. Journée | 16.01.2021 | Hannover 96 | - | FC St. Pauli | 2:3 | ||||
| 17. Journée | 24.01.2021 | FC St. Pauli | - | Jahn Regensburg | 2:0 | ||||
| 18. Journée | 28.01.2021 | FC St. Pauli | - | VfL Bochum | 2:3 | ||||
| 19. Journée | 31.01.2021 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | FC St. Pauli | 3:4 | ||||
| 26. Journée | 21.03.2021 | VfL Osnabrück | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 27. Journée | 05.04.2021 | FC St. Pauli | - | Eintracht Braunschweig | 2:0 | ||||
| 28. Journée | 10.04.2021 | Erzgebirge Aue | - | FC St. Pauli | 1:3 | ||||
| 31. Journée | 25.04.2021 | FC St. Pauli | - | SpVgg Greuther Fürth | 2:1 | ||||
| 32. Journée | 07.05.2021 | Holstein Kiel | - | FC St. Pauli | 4:0 | ||||
| 34. Journée | 23.05.2021 | Jahn Regensburg | - | FC St. Pauli | 3:0 | |
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